Pleade : Images

Pré-requis

L'environnement d’exécution doit permettre d'exécuter les commandes suivantes :

• convert (du paquet ImageMagick) ;
• python (testé avec la version 2.4.3 à 2.7.3).

Pour cela, on s'assurera que les deux commandes font partie du $PATH du système hôte. Vous pouvez également tenter d'accéder à l'aide de la commande pour vérifier sa disponibilité (convert --help et python --help).

Important :

Le script fournit transforme des images JPEG en « TIFF pyramidales ». Si vos images ne sont pas au format JPEG, il faut les convertir avant de commencer.

Description

Le script se lance, en tant qu'utilisateur classique, de la manière suivante :

bash traitement_img.sh "$scriptPython" "$dossierTiff" "$dossierJPEG" "$dossierCible" "$dossierLogs"

Argument	Description	commentaires
$scriptPython	chemin absolu vers le script python pretraitement_images.py.	-
$dossierTiff	chemin absolu du répertoire parent de toutes les images TIFF.	-
$dossierJPEG	chemin absolu du répertoire où sont stockées les images JPEG préalablement générées.	Ce sera le répertoire racine des images pour Pleade.
$dossierCible	chemin absolu du répertoire où seront stockées les images pré-traitées (hidef, miniature, etc.).	Ce répertoire sera utilisé par Pleade.
$dossierLogs	chemin absolu du répertoire où seront stockés les logs concernant la conversion.	-

Utilisation

Les répertoires définis par $dossierJPEG, $dossierCible, $dossierLogs doivent exister préalablement.

Définir les chemins

Pour définir l'environnement de travail, on pourra reprendre les commandes suivantes : Si vous ne comprenez pas ce que les commandes suivantes font, ne les exécutées pas.

scriptPython="/data/bin/pretraitement_images.py"
dossierTiff="/data/imgs-tiff"
dossierJPEG="/data/img-jpeg"
dossierCible="/data/images-preparees"
dossierLogs="/data/log"

mkdir -p "$dossierJPEG" "$dossierCible" "$dossierLogs" # créé l'arborescence pour les dossiers de travail

On se placera dans le dossier contenant le script shell et python pour exécuter la commande suivante :

bash traitement_img.sh "$scriptPython" "$dossierTiff" "$dossierJPEG" "$dossierCible" "$dossierLogs"

Tests & compatibilité

Il est recommandé de faire des tests de conversion sur un sous-ensemble de vos données, avant de faire un traitement massif qui pourrait échoué. Ceci tout particulièrement lors de la génération des images « TIFF pyramidales ». Nous vous conseillons d'utiliser un système qui se rapproche le plus possible des caractéristiques cités ci-dessus.

Nos tests ont été effectué sur une machine ayant les caractéristiques suivantes :

Propriété	Description	Commentaire
OS	Ubuntu 12.04.1 LTS (precise)	-
Noyau	3.2.0-34-generic-pae	peu d'importance
Architecture	32 bits	peu d'importance
ImageMagick	6.6.9-7 2012-08-17 Q16	Préférée une version récente ou renseignez-vous sur la compatibilité avec le serveur IIPImage<ref>Comment générer correctement vos images pyramidales</ref>.
Python	2.7.3
BaSH	4.2.24	Important : Nous ne garantissons pas de portabilité sur des versions inférieur à Bash <4 ou sur d'autres shells (zsh, ksh, etc.).

Si vous rencontrez des difficultés, n'hésiter pas à nous recontacter en nous donnant le plus de détails possible sur votre environnement de travail.

Vérification

Nous utilisons le serveur IIPImage<ref>IIPImage</ref> pour servir les images pyramidales. Si vous rencontrez des difficultés, nous recommandons de lire la page concernant les problèmes courants. <ref>Résoudre les problèmes courants de IIPImage</ref>

Important :

Vos images doivent être accessible au serveur IIPImage, vérifier les permissions sont correctes sur les images et sur les dossiers parents.

Conversion des images

Avec le Shell

Pour faire la conversion d'image on utilise imagemagick ou graphicsmagick. Généralement, imagemagick est présent à la fin d'une installation linux sur un poste de travail. Ce n'est pas forcément le cas sur les serveurs. On installera comme suit :

• Ubuntu :

  apt-get install graphicsmagick imagemagick
  

• CentOS (non-testé) :

  yum install graphicsmagick imagemagick
  

Exemple TIF → JPEG

On s'appuie sur l'option bash globstar<ref>Bash option: globstar</ref> et la commande convert de ImageMagick<ref>Quality should always come first : convert -quality 100 $start $end. If not you will #fail. #imagemagic</ref> pour le mini-script ci-dessous :

shopt -s globstar # permet l'utilisation du glob ** (profonder N>0)
for i in ./**/*.tif; 
do
  convert -quality 70 "$i" "${i/.tif/.jpg}"; # on remplace l'exentsion '.tif' par '.tif' pour le nom du fichier de sortie
done

Important :

L'option globstar est propre à bash, elle ne fonctionnera pas dans un shell zsh! Pour le faire fonctionner, il vous suffit de basculer dans un shell bash avec la commande bash.

Références

<references/>