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« Pleade : Images » : différence entre les versions

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Ligne 1 : Ligne 1 :
Pour bien s’exécuter, la commande "convert" (ImageMagick) doit être
== Pré-requis ==
disponible dans le PATH du systême hôte ainsi que la commande "python".
L'environnement d’exécution doit permettre d'exécuter les commandes suivantes :
* {{cmd|convert}} (du paquet {{cmd|ImageMagick}}) ;
* {{cmd|python}} (testé avec la version {{value|2.4.3}} à {{value|2.7.3}}).
Pour cela, on s'assurera que les deux commandes font partie du {{var|$PATH}} du système hôte. Vous pouvez également tenter d'accéder à l'aide de la commande pour vérifier sa disponibilité ({{cmd|convert --help}} et {{cmd|python --help}}).
{{important|Le script fournit transforme des images {{value|JPEG}} en « {{value|TIFF}} pyramidales ». Si vos images ne sont pas au format {{value|JPEG}}, il faut les convertir avant de commencer}}


Le script se lance avec les paramètres suivant:
== Description ==
Le script se lance, en tant qu'utilisateur classique, de la manière suivante :
<syntaxhighlight lang="bash">
bash traitement_img.sh "$scriptPython" "$dossierTiff" "$dossierJPEG" "$dossierCible" "$dossierLogs"
</syntaxhighlight>
{|class="wikitable sortable centre"
! Argument !! Description !! commentaires
|-
| {{var|$scriptPython}} || chemin absolu vers le script python {{value|pretraitement_images.py}}. || -
|-
| {{var|$dossierTiff}} || chemin absolu du répertoire parent de toutes les images {{value|TIFF}}. || -
|-
| {{var|$dossierJPEG}} || chemin absolu du répertoire où sont stockées les images {{value|JPEG}} préalablement générées. || Ce sera le répertoire racine des images pour Pleade.
|-
| {{var|$dossierCible}} || chemin absolu du répertoire où seront stockées les images pré-traitées ({{value|hidef}}, {{value|miniature}}, etc.). || Ce répertoire sera utilisé par Pleade.
|-
| {{var|$dossierLogs}} || chemin absolu du répertoire où seront stockés les logs concernant la conversion. || -
|}


$ sh traitement_img.sh <param1> <param2> <param3> <param4> <param5>
== Utilisation ==
Les répertoires définis par {{var|$dossierJPEG}}, {{var|$dossierCible}}, {{var|$dossierLogs}} doivent exister préalablement.


- param1: Emplacement absolue du fichier python joint dans l'archive
=== Définir les chemins ===
(pretraitement_images.py).
Pour définir l'environnement de travail, on pourra reprendre les commandes suivantes :
- param2: Emplacement absolue du répertoire contenant les images TIFF.
Si vous ne comprenez pas ce que les commandes suivantes font, ne les exécutées pas.
- param3: Emplacement absolue du répertoire où seront stockées les
<syntaxhighlight lang="bash">
images JPEG générées préalablement. Ce sera le répertoire racine des
scriptPython="/data/bin/pretraitement_images.py"
images pour Pleade.
dossierTiff="/data/imgs-tiff"
- param4: Emplacement absolue du répertoire où seront stockées les
dossierJPEG="/data/img-jpeg"
images pré-traitées (hidef, miniature, ...). Ce répertoire sera utilisé
dossierCible="/data/images-preparees"
par Pleade.
dossierLogs="/data/log"
- param5: Emplacement absolue du répertoire où seront stockés les logs
d’exécution.


Exemple: sh traitement_img.sh /data/bin/pretraitement_images.py
mkdir -p "$dossierJPEG" "$dossierCible" "$dossierLogs" # créé l'arborescence pour les dossiers de travail
/data/imgs-tiff /data/img-jpeg /data/images-preparees /data/log
</syntaxhighlight>


Les répertoires indiqués par les paramètres 3, 4 et 5 doivent exister
On se placera dans le dossier contenant le script shell et python pour exécuter la commande suivante :
au préalable.
<syntaxhighlight lang="bash">
bash traitement_img.sh "$scriptPython" "$dossierTiff" "$dossierJPEG" "$dossierCible" "$dossierLogs"
</syntaxhighlight>


Si la masse de données est importante, pour suivre le travail du script
sans coupure. Nous vous conseillons de rediriger la sortie standard de
la console vers un fichier texte. De ce fait, vous pourrez suivre en
direct les différentes étapes du processus.


Nous avons fait les tests avec une machine ayant les caractéristiques
== Tests & compatibilité ==
suivantes
Il est recommandé de faire des tests de conversion sur un sous-ensemble de vos données, avant de faire un traitement massif qui pourrait échoué.
- OS: Ubuntu Version 12.04 (precise) 32 bits
Ceci tout particulièrement lors de la génération des images « {{value|TIFF}} pyramidales ». Nous vous conseillons d'utiliser un système qui se rapproche le plus possible des caractéristiques cités ci-dessus.
  Noyau Linux 3.2.0-34-generic-pae
- python: Python 2.7.3
- imageMagick: Version: ImageMagick 6.6.9-7 2012-08-17 Q16
http://www.imagemagick.org
Copyright: Copyright (C) 1999-2011 ImageMagick Studio LLC
Features: OpenMP


Pour des raisons de compatibilité, notamment lors de la génération des
images TIFF pyramidales, nous vous conseillons d'utiliser un système qui
se rapproche le plus possible des caractéristiques cités ci-dessus.


Si vous rencontrez des difficultés, n'hésiter pas à nous recontacter en
Nos tests ont été effectué sur une machine ayant les caractéristiques suivantes :
nous donnant le plus de détails possible sur votre environnement de
{|class="wikitable sortable centre"
travail.
! Propriété !! Description !! Commentaire
|-
| OS || {{value|Ubuntu 12.04.1 LTS (precise)}} || -
|-
| Noyau || 3.2.0-34-generic-pae || peu d'importance
|-
| Architecture || {{value|32 bits}} || peu d'importance
|-
| ImageMagick || {{value|6.6.9-7 2012-08-17 Q16}} || Préférée une version récente ou renseignez-vous sur la compatibilité avec le serveur IIPImage<ref>[http://iipimage.sourceforge.net/documentation/images/ Comment générer correctement vos images pyramidales]</ref>.
|-
| Python || {{value|2.7.3}}
|-
| BaSH || {{value|4.2.24}} || {{important|Nous ne garantissons '''pas de portabilité sur des versions inférieur à {{value|Bash <4}}''' ou sur d'autres shells ({{cmd|zsh}}, {{cmd|ksh}}, etc.)}}
|}


Si vous rencontrez des difficultés, n'hésiter pas à nous recontacter en nous donnant le plus de détails possible sur votre environnement de travail.
=== Vérification ===
Nous utilisons le serveur IIPImage<ref>[http://iipimage.sourceforge.net/ IIPImage]</ref> pour servir les images pyramidales. Si vous rencontrez des difficultés, nous recommandons de lire la page concernant les problèmes courants. <ref>[http://iipimage.sourceforge.net/documentation/troubleshooting/ Résoudre les problèmes courants de IIPImage]</ref>
{{important|Vos images doivent être accessible au serveur IIPImage, '''vérifier les permissions''' sont correctes sur les images et sur les dossiers parents}}
== Références ==
<references/>


[[category:How To]]
[[category:How To]]
Ligne 53 : Ligne 82 :
[[category:Python]]
[[category:Python]]
[[category:Shell]]
[[category:Shell]]
[[category:IIPImage]]

Version du 17 décembre 2012 à 16:40

Pré-requis

L'environnement d’exécution doit permettre d'exécuter les commandes suivantes :

  • convert (du paquet ImageMagick) ;
  • python (testé avec la version 2.4.3 à 2.7.3).

Pour cela, on s'assurera que les deux commandes font partie du $PATH du système hôte. Vous pouvez également tenter d'accéder à l'aide de la commande pour vérifier sa disponibilité (convert --help et python --help).

Important :
Le script fournit transforme des images JPEG en « TIFF pyramidales ». Si vos images ne sont pas au format JPEG, il faut les convertir avant de commencer.

Description

Le script se lance, en tant qu'utilisateur classique, de la manière suivante :

bash traitement_img.sh "$scriptPython" "$dossierTiff" "$dossierJPEG" "$dossierCible" "$dossierLogs"
Argument Description commentaires
$scriptPython chemin absolu vers le script python pretraitement_images.py. -
$dossierTiff chemin absolu du répertoire parent de toutes les images TIFF. -
$dossierJPEG chemin absolu du répertoire où sont stockées les images JPEG préalablement générées. Ce sera le répertoire racine des images pour Pleade.
$dossierCible chemin absolu du répertoire où seront stockées les images pré-traitées (hidef, miniature, etc.). Ce répertoire sera utilisé par Pleade.
$dossierLogs chemin absolu du répertoire où seront stockés les logs concernant la conversion. -

Utilisation

Les répertoires définis par $dossierJPEG, $dossierCible, $dossierLogs doivent exister préalablement.

Définir les chemins

Pour définir l'environnement de travail, on pourra reprendre les commandes suivantes : Si vous ne comprenez pas ce que les commandes suivantes font, ne les exécutées pas.

scriptPython="/data/bin/pretraitement_images.py"
dossierTiff="/data/imgs-tiff"
dossierJPEG="/data/img-jpeg"
dossierCible="/data/images-preparees"
dossierLogs="/data/log"

mkdir -p "$dossierJPEG" "$dossierCible" "$dossierLogs" # créé l'arborescence pour les dossiers de travail

On se placera dans le dossier contenant le script shell et python pour exécuter la commande suivante :

bash traitement_img.sh "$scriptPython" "$dossierTiff" "$dossierJPEG" "$dossierCible" "$dossierLogs"


Tests & compatibilité

Il est recommandé de faire des tests de conversion sur un sous-ensemble de vos données, avant de faire un traitement massif qui pourrait échoué. Ceci tout particulièrement lors de la génération des images « TIFF pyramidales ». Nous vous conseillons d'utiliser un système qui se rapproche le plus possible des caractéristiques cités ci-dessus.


Nos tests ont été effectué sur une machine ayant les caractéristiques suivantes :

Propriété Description Commentaire
OS Ubuntu 12.04.1 LTS (precise) -
Noyau 3.2.0-34-generic-pae peu d'importance
Architecture 32 bits peu d'importance
ImageMagick 6.6.9-7 2012-08-17 Q16 Préférée une version récente ou renseignez-vous sur la compatibilité avec le serveur IIPImage<ref>Comment générer correctement vos images pyramidales</ref>.
Python 2.7.3
BaSH 4.2.24
Important :
Nous ne garantissons pas de portabilité sur des versions inférieur à Bash <4 ou sur d'autres shells (zsh, ksh, etc.).

Si vous rencontrez des difficultés, n'hésiter pas à nous recontacter en nous donnant le plus de détails possible sur votre environnement de travail.

Vérification

Nous utilisons le serveur IIPImage<ref>IIPImage</ref> pour servir les images pyramidales. Si vous rencontrez des difficultés, nous recommandons de lire la page concernant les problèmes courants. <ref>Résoudre les problèmes courants de IIPImage</ref>

Important :
Vos images doivent être accessible au serveur IIPImage, vérifier les permissions sont correctes sur les images et sur les dossiers parents.

Références

<references/>